Biospecimen Provenance: What Researchers Need To Know

Qu'est-ce que la provenance des échantillons biologiques et pourquoi est-elle importante ?

Pour expliquer la "provenance d'un échantillon biologique" : chaque échantillon biologique ou échantillon de tissu utilisé dans la recherche médicale suit un parcours unique. Ce parcours commence lorsqu'une personne fait don d'un échantillon biologique et se termine lorsqu'un chercheur analyse ce même échantillon. Entre les deux, il y a différents itinéraires, événements et calendriers qui font partie de la provenance de l'échantillon biologique. Il est essentiel de noter que tous ces éléments peuvent avoir un impact sur la qualité de l'échantillon. Il est donc essentiel de suivre les détails du parcours de l'échantillon pour plusieurs raisons, notamment le contrôle de la qualité scientifique, les exigences légales et les considérations éthiques.

Qu'est-ce que la provenance des échantillons biologiques ?

La provenance d'un échantillon biologique fait référence à l'origine, à l'histoire et à la manipulation d'un échantillon biologique, ce qui permet aux chercheurs de retracer son parcours depuis la collecte jusqu'à l'analyse. Selon le dictionnaire Merriam-Webster, "provenance" signifie l'origine ou la source de quelque chose. Dans le monde de la recherche médicale, la provenance des échantillons biologiques comprend des informations essentielles qui influencent la qualité des résultats de la recherche.

Par exemple, dans le domaine des antiquités, la provenance permet de retracer l'historique de la propriété d'un objet de valeur. De même, dans le domaine de la recherche médicale, la provenance des échantillons biologiques garantit leur traçabilité, ce qui permet de préserver leur intégrité et leur fiabilité à des fins scientifiques. Le World Wide Web Consortium définit la provenance comme une information sur les entités, les activités et les personnes impliquées dans la production de données ou de matériel, ce qui permet d'évaluer leur qualité et leur fiabilité.

Principaux éléments de la provenance des échantillons biologiques

La provenance de l'échantillon biologique, ou provenance de l'échantillon biologique, comprend quatre éléments clés :

Origine géographique
Ancien(s) dépositaire(s)
Historique du traitement des échantillons
Informations sur les donateurs

Chaque composant joue un rôle essentiel dans le maintien de l'intégrité des échantillons de tissus et autres échantillons biologiques utilisés dans la recherche.

1. Origine géographique

Connaître l'origine géographique d'un échantillon biologique est un élément crucial de la provenance de l'échantillon biologique. Le lieu d'origine d'un échantillon de tissu peut fournir des informations précieuses sur les facteurs environnementaux, socio-économiques et génétiques. En outre, les chercheurs doivent être conscients des restrictions à l'exportation de pays tels que la Chine, l'Inde et la Russie afin de garantir la conformité avec les réglementations nationales (Hofman et al., 2017).

2. Ancien(s) dépositaire(s)

Une partie essentielle de la provenance de l'échantillon biologique consiste à documenter tous les détenteurs précédents de l'échantillon. Cela permet de s'assurer que l'échantillon a été obtenu de manière éthique et traité correctement. L'approvisionnement éthique nécessite le consentement éclairé des donneurs et la supervision d'organismes éthiques. Le respect de réglementations telles que la règle commune révisée des États-Unis, la recommandation européenne Rec(2006)4 et la loi britannique sur les tissus humains (2004) est nécessaire pour toutes les biospécimens.

En outre, les bioréférentiels qui stockent et gèrent les échantillons biologiques doivent disposer des certifications et accréditations appropriées, telles que

Certification ISO 9001 pour les systèmes de gestion de la qualité.
Certification ISO 20387 pour la compétence et le contrôle de la qualité des biobanques.
US CAP Accreditation for Biorepositories (Accréditation CAP pour les dépôts biologiques).
Autorisation délivrée par la Human Tissue Authority au Royaume-Uni.

Il est également essentiel de connaître le dépôt biologique d'origine pour pouvoir le recontacter afin d'obtenir des échantillons de tissus supplémentaires ou des informations cliniques, et pour pouvoir le mentionner dans les publications de recherche. En outre, les biobanques doivent signer un accord de transfert de matériel (ATM), qui comprend des restrictions, des règles de confidentialité et de biosécurité.

3. Historique du traitement des échantillons de tissus

L'historique du traitement d'un échantillon de tissu est un autre aspect critique de la provenance des échantillons biologiques. Les variations dans la collecte, la manipulation et le stockage des échantillons de tissus peuvent affecter de manière significative leur qualité et, par conséquent, la fiabilité des résultats de la recherche. Par exemple, au cours d'une intervention chirurgicale, le temps d'ischémie chaude, c'est-à-dire le temps écoulé entre le clampage des vaisseaux sanguins et le prélèvement du tissu, influe sur la qualité de l'échantillon. De même, le temps d'ischémie froide, c'est-à-dire le temps passé sur de la glace humide avant la congélation, a également un impact sur la qualité. Par conséquent, l'enregistrement de ces durées est une bonne pratique pour maintenir la provenance des échantillons de tissus.

Le traitement des échantillons de sang est un autre domaine où des variations peuvent se produire. Les différences entre les contenants primaires, le délai de pré-centrifugation, la température et les paramètres de centrifugation peuvent tous influencer la qualité de l'échantillon. Pour normaliser cela, le Code Préanalytique Standard (CPPR) est utilisé pour enregistrer systématiquement ces variations (Betsou et al., 2010). Certaines biobanques offrent ce niveau de détail aux chercheurs.

4. Informations sur les donateurs

Enfin, les informations sur les donneurs, y compris les données démographiques et cliniques, font partie de la provenance des échantillons biologiques. Les biobanques dépersonnalisent ces informations afin de protéger la confidentialité du donneur. Parfois, les chercheurs peuvent avoir besoin de retourner à la biobanque pour obtenir des informations supplémentaires sur le donneur, telles que la récurrence de la maladie. Dans ce cas, il est essentiel de connaître l'identité de la biobanque pour accéder à d'autres données.

Pourquoi la provenance des échantillons biologiques est-elle importante ?

Les chercheurs ont besoin d'informations détaillées sur la provenance des échantillons biologiques pour garantir la qualité et la fiabilité de leurs échantillons. Sans ces informations, le risque de produire des résultats non reproductibles augmente, ce qui peut affecter de manière significative la crédibilité des études scientifiques.

Freedman et al. (2015) ont analysé les erreurs qui conduisent à l'irreproductibilité dans la recherche préclinique et ont constaté que les réactifs biologiques et les matériaux de référence non fiables en sont une cause majeure. Ils ont conclu :

... le défi consistant à accroître la reproductibilité et à s'attaquer aux coûts associés au manque de reproductibilité dans la recherche en sciences de la vie est tout simplement trop important et trop coûteux pour être ignoré. Des thérapies vitales sont retardées, les budgets de recherche sont soumis à une pression croissante et les coûts de développement et de traitement des médicaments augmentent. L'amélioration de la reproductibilité reste une pierre angulaire essentielle pour résoudre chacun de ces problèmes.

En conclusion, les chercheurs doivent avoir accès à des informations complètes sur la provenance des échantillons biologiques afin d'améliorer la reproductibilité et la fiabilité de leurs études. La provenance des échantillons biologiques et la provenance des échantillons de tissus sont essentielles pour garantir que des échantillons de haute qualité, d'origine éthique et correctement traités sont disponibles pour la recherche scientifique.

Références

Hofman, P. et al, Point de vue : La traçabilité et la transparence devraient être obligatoires pour tous les échantillons biologiques humains. (2017) https://www.appliedclinicaltrialsonline.com/view/point-view-traceability-and-transparency-should-be-mandatory-all-human-biospecimens

Betsou F, et al. International Society for Biological and Environmental Repositories (ISBER) Working Group on Biospecimen Science. Standard preanalytical coding for biospecimens : defining the sample PREanalytical code. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 2010 Apr;19(4):1004-11. doi : 10.1158/1055-9965.EPI-09-1268. Epub 2010 Mar 23. PMID : 20332280.Freedman et al. (2015)

Freedman LP, Cockburn IM, Simcoe TS. The Economics of Reproducibility in Preclinical Research (L'économie de la reproductibilité dans la recherche préclinique). PLoS Biol. 2015 Jun 9;13(6):e1002165. doi : 10.1371/journal.pbio.1002165. Erratum dans : PLoS Biol. 2018 Apr 10;16(4):e1002626. doi : 10.1371/journal.pbio.1002626. PMID : 26057340 ; PMCID : PMC4461318.